دستگاه قضایی نو بنیاد اسلام را رهبری می کرد. هر وقت این دستگاه با مشکلی رو به رو می شود فورا مساله را به آن حضرت ارجاع می داد و راه حل آن را خواستار می شود. گاهی نیز خود امام بودن آنکه کسی به وی مراجعه کند خلیفه وقت را که متصدی مقام قضاوت نیز بود راهنمایی می کرد و به اشتباه او در صدور حکم واقف می ساخت و با قضاوت های شگفت و قاطع خود موجی از تعجب در اذهان صحابه پیامبر پدید می آورد.
هر گاه پای مصالح اسلام و مسلمانان به میان می آمد از هر نوع خدمت و کمک بلکه فداکاری و جانبازی دریغ نمی داشت و با چهره گشاده به استقبال مشکلات می شتافت. اهداف اساسی امام: پایداری اسلام و گسترش آن در جهان، آشنا ساختن امت به معارف و اصول و فروع دین، حفظ عظمت اسلام در نزد دانشمندان یهود و نسارا گروه گروه برای تحقیق درباره ی این آیین نو ظهور به مدینه می آمدند تا آنچه که راه به روی آن حضرت باز بود و دستگاه خلافت ممانعتی نداشت. امام علی (ع) در طول دوران حکومتش سعی در بوجود آوردن حکومت اسلامی و عدل و عدالتی که پیامبر در سیره و خداوند در کتاب آنها را تایید کرده بود را به اجرا در آورد و در این دوران که هر چند کوتاه بود سعی در تخریب عناصری که خلفا به اسلام وارد کرده بودند و همچنین ایجاد صلح و تعلیم دین اسلام در کل فتوحات و بلاد اسلامی را بر عهده داشت.